仙二支持了鼠标、键盘、摇杆这几种操作方式，不再坚持只有键盘，而且大宇还特地为三种操作方式都作了最佳化的设计，界面上也保留了一代让玩家轻易上手的优点，绝对有过之而无不及。战斗依旧保持45度斜向视角，以及回合制的游戏方式，维持仙剑优秀的传统与风格，但是在攻防、动作、召唤等部份作了相当幅度的变更，务求更流畅、刺激的战斗效果和感受。另外，除了一般的攻击、防御、法术、法宝、投掷等战斗方式外，仙剑二代中，还为了四位主角各自设计了一套特殊的战术系统。玩过仙剑一代的玩家们还记得炼蛊皿吗？这个来自苗疆的法宝可是在仙剑中炼化各种蛊虫的重要道具呢～像是能提升等级的金蚕王就可以靠它炼出来喔！这次为了让玩家能有更接近实际养蛊的感觉，特别在《仙剑奇侠传二》中设计了新的“炼蛊”系统，这是结合练蛊皿与紫金葫芦的概念，所进化、衍生出一个崭新的系统。“蛊”是仙剑奇侠传系列特有的物品，其功能涵盖了补血、补气、复活、攻击、提升能力、迷宫脱出等等，在仙剑奇侠传二中，更将蛊虫的种类拓展到数十种。要获得这些蛊虫除了努力开宝箱、偷怪物之外，最重要的取得途径就是“蛊后”。蛊后是什么呢？简单来说也就是所有蛊虫的妈妈，玩家只要好好的喂养它，它就会定时定量的为玩家产下蛊虫小宝宝。蛊后经由玩家以蛊虫、可食的道具喂养后，将孕化出各种功能的蛊虫，但是，蛊后并非随心所欲的金鸡母，培养的过程可是要花费一番心力的，因为在培养蛊后的过程中，当喂养的食物不同时，蛊后便有不同的成长，进而影响了蛊后的属性、外表，甚至其所产下的蛊虫种类以及品质优劣。 一般来说，蛊后拥有“青”、“赤”、“紫”三种属性数值。当玩家喂养某种物品或是蛊虫时，这三种数值将会有不同程度的增减，直到某种属性数值超过临界点后，蛊后便会进行蜕变，成为“青蛊后”、“赤蛊后”或“紫蛊后”，此时蛊后产下蛊虫的速度与品质将会有所提升。不过这只是初阶段的蜕变，后面还会有数个阶段的蜕变，这就得要靠玩家来发掘了。
　　　
　　 制作小组表示，为了让游戏能顺畅的进行，为了让玩家能从中的得到更大的游戏性，此次的迷宫设计纯粹在机关的变化性以及丰富性上加强，让玩家有更直接参与解谜与过关的感受，至于在困难度以及迷宫长度上，绝对不会让玩家有“无法自拔”的感觉，而所谓的迷宫机关变化有哪些呢？包含了玩家在工地追逐盗贼时所搭建的鹰架、会一脚踏空的地板机关、仙灵岛上的水晶机关洞、玄怪的道教遗迹、隐匿的幽冥巷弄、诸葛后代的奇门阵、凝水成冰的冰火洞窟、集四阵、四兽的禁闭空间，这些都是要给玩家来解谜的，所以玩家不必再担心啰，在仙二里没有刁钻的迷宫，只有充满趣味性的小机关、小谜题要靠玩家来解决。

　　 “虎煞”原是天师道掌门用来镇守圣物的灵兽，后来因缘巧合被小虎收服，成为日后小虎闯荡江湖的助力之一。虎煞天性刚烈、嫉恶如仇，遇见邪魔妖怪皆欲吞噬之而后快，并且，虎煞还能将吞噬的妖魔化为力量，等到适当的时机，操控虎煞之人便可将此累积的力量释放出来。在战斗过程中，敌人的体力下降到某个程度后，小虎便能运用“虎煞”指令中的“吞噬”消灭敌人，并藉此累积虎煞的力量。累积到一定数量时，就可以使用虎煞的招式，不仅如此，若是玩家常常使用虎煞，虎煞还会有所成长，此时可以使用的虎煞招式也就越多。聪明的玩家会将虎煞的力量留到头目战，如此一来，再难缠的头目也不足为惧了。

　　《仙剑奇侠传二》故事中的小女主角—李忆如，自小就不喜欢武刀弄枪这些辛苦玩意儿，虽然身边的亲戚长辈个个都是武林中的高手，父亲更是武功天下第一的李逍遥，不过忆如武艺却差劲的一塌糊涂。但是，也许基于天生特异的圣女体质，也许是善良、喜交朋友的心，忆如在闯荡江湖的路上，结交了许多“与众不同”的朋友，在她冒险的过程中提供莫大的帮助。只不过这些朋友不是山精水怪，就是神仙人鬼，我们无以名之，便总称为“灵”。“御灵”是提供给忆如专用的系统，在战斗中可以“请”出1～2位“灵”来帮助战斗，除了攻击敌人之外，“灵”还可以辅助攻击或帮忙防御。不过忆如无法直接对“灵”下达指令，只能告诉它们行动的方向，若遇到初熟乍识的“灵”，由于心意还无法相通，因此常会做出出人意表的事情。但是经过一段时间的同甘共苦后，“灵”会越来越清楚忆如的需要，进而提供适当的帮助。“灵”也会有成长，越常被忆如请出的“灵”成长的速度会越快，可以使用的招式与行动方针也会增加，不过“灵”的数量繁多，功能也有所不同，如何取舍就要看玩家的策略了。