《伊苏VS空之轨迹》故事方面，描述在曾经被称为桃源乡的这片失落大地仙境（Xanadu）里，从太古以来就一直存着着一个恐怖的威胁，那就是拥有强大的魔力，而且还拥有永远生命的王者之龙，其名称则被称为魔王加尔希斯（Gullcis）。为了讨伐不老不死的魔王，人们的意志深埋在“仙境”大地的“理”（真理）当中，当禁忌的约定之时降临之时，将跨越时空召唤战士们的灵魂，并展开魔王讨伐之战。